Het Verzetsmuseum Friesland gaat niet over dé Tweede Wereldoorlog. Die oorlog is te groot en het museum te klein. Het hoofdthema van het museum is Kiezen, Toen en Nu. Iedereen staat elke dag voor keuzes. Je kunt een goede keuze maken, maar ook een foute. Niet kiezen is ook een keuze. Soms heb je niets te kiezen. Het verhaal van de Tweede Wereldoorlog wordt in het het museum samengevat in vier keuzes: Verzet, Vervolging, Collaboratie, Niet kiezen, aanpassen. Verder is er een chronologische presentatie van de Tweede Wereldoorlog in vijfentwintig hoofdstukken, vanaf de Eerste Wereldoorlog tot de bevrijding en een hoofdstuk 'Na de oorlog'. Andere thema's die aan bod komen zijn, de verwerking van de oorlog, racisme anno nu, oorlog anno nu en verzet anno nu.