Oorspronkelijk is de Hortus Botanicus aangelegd als een systeemtuin. Waarbij iedere plantenfamilie in een apart vak stond. Hierdoor kreeg men snel een beeld van de grootte van de verschillende families en de variatie daarbinnen. In de loop der jaren heeft men het idee van de systeemtuin verlaten en is de beplanting omgevormd tot een mooi samenspel van perken en paden waar men behalve botanische soorten ook minder bekende cultuurvariëteiten kan aantreffen. Op ca. 1 ha. groeit nu een collectie planten van ruim tienduizend soorten en hybriden. In de loop der jaren is de betekenis van de Hortus voor het academisch onderwijs en onderzoek van de Vrije Universiteit grotendeels verdwenen. Toch is de botanische tuin, ingeklemd tussen ziekenhuis en hoofdgebouw, thans voor menig medewerker en student een onmisbaar onderdeel van de universiteit. Met name gedurende de zomermaanden wanneer een enorme collectie bijzondere (sub)tropische planten, waaronder grote palmen rondom de kassen staan opgesteld, is de tuin op zijn mooist. Het aardige van de ligging van de Hortus is dat de tuin ook voor patiënten uit het aangrenzende VU ziekenhuis via de ziekenhuistuin vrij toegankelijk is. De tuin en de kassen, waaronder de vermaarde grote tropische kas, zijn voor het publiek iedere werkdag gratis toegankelijk en worden door vele plantenliefhebbers van binnen en buiten Amsterdam veelvuldig bezocht.